产品简介

微生物多样性分析是直接从样品中提取基因组DNA后进行测序分析。它是通过对样本中微生物16S/18S/ITS高变区的扩增产物进行高通量测序，分析该样品中微生物群落的多样性和分布规律。

微生物多样性主要的研究对象为：细菌（16S）、真菌(18S/ITS)、古细菌(16S)。由于目前高通量测序技术受其测序读长的限制，所以往往需要针对测序对象的部分区段进行测序分析，因而又称为扩增子测序。特别在研究共生菌时，一般会有来自宿主的污染，建议单个样本的测序数据量从传统的3-5万tags提高到8-10万tags。

研究内容

1) 序列优化及质控
2) 测序数据介绍
3) 数据过滤及质量评估
4) 各样本ASV数量展示
5) ASV韦恩图分析
6) 物种分类与相对丰度统计
7) 物种丰度聚类热图
8) 分类学树状图
9) KRONA物种注释
10) Ternary 三元相图
11) 样本与物种丰度circos图
12) Metastat分析
13) LEfse分析
14) 物种丰度STAMP(Welch’s t-test)分析
15) Alpha多样性指数统计
16)  样本丰富度稀释曲线
17) 香农指数曲线(Shannon index curve)
18) 物种累积曲线
19) 等级丰度曲线(Rank Abundance Curve)
20) Alpha多样性指数组间差异分析
21) Beta多样性分析
22) PCA分析
23) PCoA分析
24) UPGMA聚类树分析
25) 样本距离矩阵热图展示
26) 限制性主坐标轴分析(db-RDA)
27) 组间群落结构差异显著性检验

28) Adonis多元方差分析和置换检验

29) ANOSIM相似度分析

30) MRPP分析

31) Beta多样性相似性组间差异分析

32) 功能基因预测分析

33) PICRUSt2功能预测

34) 功能注释PCA分析

35) pathway代谢通路差异分析(STAMP)

36) FAPROTAX功能预测

37) 物种相关性网络图

38) 随机森林分析

39) 随机森林无监督分类分析

40) 交叉验证选择最佳数量物种

41)  随机森林分类预测

42) 微生物群落与环境因子相关性分析

43) 环境因子之间自相关性分析

44) Mantel test分析

45) RDA/CCA分析

46) db-RDA环境因子分析

结果展示

送样建议：

1、一般以土壤、水体、肠道、根际等微生物为研究对象；

2、样品选取需要以时间、地域、深度、部位等为参考，建议每个样品设置3个以上生物学重复；

3、DNA要求：总量≥150ng，浓度≥50ng/?l，OD260/280：1.8-2.0，电泳要求：主带清晰，无降解或轻度降解；

4、组织样要求：土壤、根系等固体样本约1-3g；菌液样本需离心取沉淀物，不少于50mg；